Deux individus, copistes de leur métier, se rencontrent par hasard un jour d’été à Paris et se lient d’une violente amitié. L’un d’eux, Bouvard, fait un héritage; l’autre, Pécuchet apporte ses économies et ils quittent ensemble la capitale pour se retirer à la campagne. Ils achètent un manoir à Chavignolles en Normandie et se livrent à la découverte du savoir, se lançant à corps perdu dans une série d’études et d’expériences qui embrassent toutes les connaissances de l’humanité. Leur bonne volonté n’a d’égale que leur incompétence et après avoir essuyé échec sur échec, ils décident de revenir à leur première condition et redevenir copistes.

Bouvard et Pécuchet est l’ultime roman de Flaubert, publié à titre posthume. Flaubert meurt subitement en 1880 à l’âge de cinquante neuf ans d’une hémorragie cérébrale lors de sa rédaction. Le premier titre auquel il avait pensé était Les deux cloportes (cloporte pour individu répugnant et servile). Il l’abandonne assez vite pour Bouvard et Pécuchet, noms des deux personnages centraux. Le roman se présente sous forme de onze chapitres, suivis dans une seconde partie du Dictionnaire des Idées reçues. Le second volume qui devait être le résultat de la copie des personnages ne verra le jour que sous sa forme initiale, sans véritable lien avec le premier volume.

C’est un roman philosophique contenant très peu d’intrigue, ce qui pour une grande part a contribué à déconcerter le public et a engendré une critique controversée. Il reste encore aujourd’hui le roman le moins bien compris et certainement le plus dur d’accès de Flaubert. Son roman le plus connu est Madame Bovary et le concept de « bovarysme » est entré dans l’usage commun au même titre que le « narcissisme », « donjuanisme » ou « sadisme ». Fait preuve de « bovarysme » qui se conçoit autre, se croit mieux que ce qu’il est en réalité (écart de soi à soi, prédilection pour l’imagination).
Flaubert est d’ailleurs l’auteur de peu de romans – par ordre de parution : Mémoires d’un fou, L’Education sentimentale, Madame Bovary, Salammbô, La tentation de Saint Antoine, Novembre et autres textes de jeunesse, Trois Contes (Un cœur simple, Saint Julien l’hospitalier, Hérodias) et enfin Bouvard et Pécuchet.

Bouvard et Pécuchet sont deux anti-héros qui ont soif d’idéal. Ils sont volontairement campés comme des personnages médiocres, soit selon l’auteur «susceptibles du meilleur comme du pire ». Ils veulent comprendre et maîtriser le monde par le savoir et brassent de façon éclectique et arbitraire toutes les sciences, passant du jardinage à l’agriculture, de la chimie à la médecine, de l’astronomie à l’archéologie, de l’histoire à la littérature, de la politique à l’hygiène, du magnétisme à la sorcellerie, de la philosophie à la religion pour enfin se perdre dans les méandres de l’éducation. Flaubert nous fait vivre les échecs répétés de ses deux personnages, montre leur désillusion avant de les renvoyer à leur occupation initiale de copiste. La construction est donc en spirale et la conception du bonheur semble échouer dans la routine et la monotonie d’un travail fastidieux et routinier.

L’Image du copiste, philosophe malgré lui, ou perçu comme tel, évoque celle de Bartleby, the scrivener, nouvelle éponyme de Melville (publiée en 1853). Bartleby, sans raison, refuse de se plier aux ordres de son chef et décline poliment toute demande de celui-ci. La courtoisie de sa réponse en fait une arme d’autant plus redoutable et tranchante « I would prefer not » et lui donne des allures de sage. C’est donc sous une apparente douceur qu’il affirme de façon agressive sa différence et prône une liberté absolue.
Comme Bartleby, Bouvard et Pécuchet sont à la fois comiques et tragiques. Car si les deux compères font preuve d’une bêtise affirmée et cocasse dans toutes leurs démarches, ils n’en restent pas moins remarquables et profondément humains dans leur volonté de se surpasser, dans leur innocence et leur ténacité.

Flaubert insiste sur la médiocrité de ses deux « héros », sur leur naïveté ; il force le trait car son objectif premier est de réaliser l’encyclopédie de la bêtise ou une « encyclopédie critique en farce ». On pense ici aux désirs encyclopédiques de l’époque, communs notamment chez Diderot et Balzac.
A l’origine l’histoire s’inspire d’une nouvelle d’un auteur du 19e aujourd’hui méconnu, Barthélemy Maurice Les Deux Greffiers. Flaubert aurait ensuite passé deux années de recherche, de 1972 a 1974, et lu pas moins de mille cinq cent livres avant de se lancer dans l’écriture.

Son entreprise titanesque est au service de sa vengeance, il attaque ses contemporains, crache sur le bourgeois, « vomit sa haine » ou bien encore et selon ses dires « éjacule sa colère ».