La rencontre, perçue sous l’angle du coup de foudre, met en lumière les différences et similitudes patentes entre Bouvard et Pécuchet. Tel Don Quichotte et Sancho Panca tout dans leur apparence physique les oppose. L’un est grand, sec, Bouvard ; l’autre est petit, plus rond. Bouvard a les traits enfantins « cheveux blond » « boucles légères » « yeux bleuâtres » « visage coloré » alors que Pécuchet a les traits durs « mèches garnissant son crâne élevé étaient plates et noires », l’air « sérieux ». Bouvard a un tempérament expansif, communicatif, son tempérament, « confiant, étourdi, généreux » Il rit volontiers. L’autre en revanche est renfermé et taciturne « discret, méditatif, économe ». A ce propos le film réalisé par Jean-Daniel Verhaeghe joue parfaitement sur ces différences dans le portrait des deux personnages, Bouvard est interprété par Jean-Pierre Marielle et Pécuchet par Jean Carmet.

Malgré toutes ces différences, ils se découvrent de nombreux points communs, ils sont du même âge, quarante-sept ans, sont employés de bureau et plus précisément copistes « ils faillirent s’embrasser par dessus la table en découvrant qu’ils étaient tous les deux copistes ». Bouvard travaille « dans une maison de commerce », Pécuchet au « Ministère de la Marine ». Ils vivent tous les deux seuls; Bouvard est veuf et Pécuchet est célibataire. Ils semblent aussi partager certaines manies de vieux garçons, ayant inscrit leurs noms respectifs dans leurs chapeaux « Tiens, nous avons eu la même idée, celle d’inscrire notre nom dans nos couvre-chefs ». A peine la conversation est-elle entamée qu’ils réalisent à quel point ils se comprennent et partagent une opinion semblable « Pécuchet pensait de même », « Bouvard aussi », « leurs opinions étaient les mêmes » « Chacun en écoutant l’autre retrouvait des parties de lui oubliées ».

Les expressions et images employées sont absolument similaires à celles utilisées pour décrire le coup de foudre amoureux ; même magie du moment, sentiment de trouble, désir de contact « Leurs mains étaient jointes », «ils faillirent s’embrasser », « Vous m’ensorcelez, ma parole d’honneur ! ». Ils se rencontrent par un dimanche désoeuvré d’été sur un banc public, se plaisent, se découvrent, se reconnaissent et deviennent aussitôt inséparables. Pour que la rencontre et la magie se prolongent ils décident de dîner ensemble au restaurant, vont ensuite prendre un café dans un autre établissement, l’un accompagne l’autre chez lui et inversement avant de se retrouver le lendemain au bureau de Bouvard, puis à celui de Pécuchet. « Ils finirent par dîner ensemble tous les jours », se promènent et découvrent Paris, visitent des musées, suivent des cours, font lorsqu’ils sont libres des escapades à la campagne et rêvent de changer de vie «La monotonie du bureau leur devenait odieuse ».
Leur rencontre va être déterminante «Ils s’étaient tout de suite, accrochés, par des fibres secrètes », et va changer le cours de leur vie « Ce qu’on appelle le coup de foudre est vrai pour toutes les passions. Avant la fin de la semaine, ils se tutoyèrent. »

Lorsqu’il décrit la relation passionnée qui existe entre Bouvard et Pécuchet Flaubert se moque volontiers de ses personnages. Il faut néanmoins garder en tête le fait que Flaubert lui-même accordait une importance particulière à l’amitié, la portant au dessus de toute autre relation. Il ne croyait pas au mariage, ni aux enfants et est connu pour avoir fait preuve envers ses amis d’une jalousie possessive.
Ce n’est donc pas sans une certaine compréhension ou connivence que Flaubert affirme que « l’union de ces deux hommes était absolue et profonde ».

Quelques mois après la rencontre Bouvard reçoit une lettre qui va décider de leur avenir commun et propulser l’histoire.
L’héritage impromptu est préparé quelques pages avant l’arrivée de la lettre, lorsque Pécuchet visitant l’appartement de Bouvard regarde le portrait du soi-disant oncle de Bouvard et s’exclame « On le prendrait plutôt pour votre père ».
D’ailleurs Bouvard lui-même n’était pas dupe de la situation « le neveu l’avait toujours appelé mon oncle bien que sachant à quoi s’en tenir ».
Pour la première fois depuis le début du roman, Flaubert donne au lecteur une indication de temps en précisant la date à laquelle Bouvard reçoit la lettre du notaire « C’était le 20 janvier 1839 ». Il souligne donc par cette référence au temps l’importance de l’événement à venir.

Le premier évanouissement passé après l’ouverture de la missive, Bouvard se précipite vers le bureau de son ami afin de lui faire partager sa joie « Il courut tout d’une haleine jusqu’au Ministère de la Marine ».
On apprend alors par les propos du notaire le passé du père de Bouvard, ayant eu cet enfant illégitime dans sa jeunesse, s’étant marié sur le tard et ayant eu ensuite deux fils qui l’avaient déçu. A sa mort il décide donc de réparer le passé et de rendre justice à son fils naturel lui léguant «deux cent cinquante mille francs ».

C’est alors que commence une phase de rêve, de préparation pour réaliser leur rêve de toujours ; c’est à dire fuir la ville, la routine du travail et se réfugier à la campagne afin de se vouer à l’étude des idées et de la connaissance.
Mais Bouvard, fidèle à son amitié, promet d’attendre son ami Pécuchet qui doit encore travailler deux années avant de prendre sa retraite. Il cherche donc la demeure idéale, et finit, grâce à son ami Barberou, par la trouver en Normandie dans un village nommé Chavignolles (près de Caen).

Deux individus, copistes de leur métier, se rencontrent par hasard un jour d’été à Paris et se lient d’une violente amitié. L’un d’eux, Bouvard, fait un héritage; l’autre, Pécuchet apporte ses économies et ils quittent ensemble la capitale pour se retirer à la campagne. Ils achètent un manoir à Chavignolles en Normandie et se livrent à la découverte du savoir, se lançant à corps perdu dans une série d’études et d’expériences qui embrassent toutes les connaissances de l’humanité. Leur bonne volonté n’a d’égale que leur incompétence et après avoir essuyé échec sur échec, ils décident de revenir à leur première condition et redevenir copistes.

Bouvard et Pécuchet est l’ultime roman de Flaubert, publié à titre posthume. Flaubert meurt subitement en 1880 à l’âge de cinquante neuf ans d’une hémorragie cérébrale lors de sa rédaction. Le premier titre auquel il avait pensé était Les deux cloportes (cloporte pour individu répugnant et servile). Il l’abandonne assez vite pour Bouvard et Pécuchet, noms des deux personnages centraux. Le roman se présente sous forme de onze chapitres, suivis dans une seconde partie du Dictionnaire des Idées reçues. Le second volume qui devait être le résultat de la copie des personnages ne verra le jour que sous sa forme initiale, sans véritable lien avec le premier volume.

C’est un roman philosophique contenant très peu d’intrigue, ce qui pour une grande part a contribué à déconcerter le public et a engendré une critique controversée. Il reste encore aujourd’hui le roman le moins bien compris et certainement le plus dur d’accès de Flaubert. Son roman le plus connu est Madame Bovary et le concept de « bovarysme » est entré dans l’usage commun au même titre que le « narcissisme », « donjuanisme » ou « sadisme ». Fait preuve de « bovarysme » qui se conçoit autre, se croit mieux que ce qu’il est en réalité (écart de soi à soi, prédilection pour l’imagination).
Flaubert est d’ailleurs l’auteur de peu de romans – par ordre de parution : Mémoires d’un fou, L’Education sentimentale, Madame Bovary, Salammbô, La tentation de Saint Antoine, Novembre et autres textes de jeunesse, Trois Contes (Un cœur simple, Saint Julien l’hospitalier, Hérodias) et enfin Bouvard et Pécuchet.

Bouvard et Pécuchet sont deux anti-héros qui ont soif d’idéal. Ils sont volontairement campés comme des personnages médiocres, soit selon l’auteur «susceptibles du meilleur comme du pire ». Ils veulent comprendre et maîtriser le monde par le savoir et brassent de façon éclectique et arbitraire toutes les sciences, passant du jardinage à l’agriculture, de la chimie à la médecine, de l’astronomie à l’archéologie, de l’histoire à la littérature, de la politique à l’hygiène, du magnétisme à la sorcellerie, de la philosophie à la religion pour enfin se perdre dans les méandres de l’éducation. Flaubert nous fait vivre les échecs répétés de ses deux personnages, montre leur désillusion avant de les renvoyer à leur occupation initiale de copiste. La construction est donc en spirale et la conception du bonheur semble échouer dans la routine et la monotonie d’un travail fastidieux et routinier.

L’Image du copiste, philosophe malgré lui, ou perçu comme tel, évoque celle de Bartleby, the scrivener, nouvelle éponyme de Melville (publiée en 1853). Bartleby, sans raison, refuse de se plier aux ordres de son chef et décline poliment toute demande de celui-ci. La courtoisie de sa réponse en fait une arme d’autant plus redoutable et tranchante « I would prefer not » et lui donne des allures de sage. C’est donc sous une apparente douceur qu’il affirme de façon agressive sa différence et prône une liberté absolue.
Comme Bartleby, Bouvard et Pécuchet sont à la fois comiques et tragiques. Car si les deux compères font preuve d’une bêtise affirmée et cocasse dans toutes leurs démarches, ils n’en restent pas moins remarquables et profondément humains dans leur volonté de se surpasser, dans leur innocence et leur ténacité.

Flaubert insiste sur la médiocrité de ses deux « héros », sur leur naïveté ; il force le trait car son objectif premier est de réaliser l’encyclopédie de la bêtise ou une « encyclopédie critique en farce ». On pense ici aux désirs encyclopédiques de l’époque, communs notamment chez Diderot et Balzac.
A l’origine l’histoire s’inspire d’une nouvelle d’un auteur du 19e aujourd’hui méconnu, Barthélemy Maurice Les Deux Greffiers. Flaubert aurait ensuite passé deux années de recherche, de 1972 a 1974, et lu pas moins de mille cinq cent livres avant de se lancer dans l’écriture.

Son entreprise titanesque est au service de sa vengeance, il attaque ses contemporains, crache sur le bourgeois, « vomit sa haine » ou bien encore et selon ses dires « éjacule sa colère ».